Bodenorganismen sind alle Lebewesen, die dauerhaft im Boden leben. Dazu gehören unter anderem viele Bakterien, Pilze, Algen, Flechten, Würmer, Spinnen, Milben, Vielfüßler und Insekten, aber auch Maulwürfe und Nagetiere. Die Vielfalt und Anzahl der Bodenorganismen ist sehr groß. Die Gesamtheit aller Bodenorganismen wird unterteilt in Bodenfauna und Bodenflora. Zur Bodenfauna gehören alle im Boden lebenden Tiere. Größere Bodenbewohner sind Asseln, Tausendfüßler, Ameisen und Regenwürmer. Die Bodenflora umfasst alle nicht-tierischen Lebewesen im Boden. Zu ihnen gehören auch Bakterien, Pilze, Algen und Flechten. Die wichtigste und größte Gruppe der Bodenorganismen bilden die Mikroorganismen, vor allem Bakterien und Pilze. Sie zersetzen durch ihre Ernährungsweise tote organische Substanz und setzen dabei Nährstoffe frei. Bakterien, Würmer und Pilze zersetzen Blätter, Pflanzenreste, tote Tiere und wandeln dabei die organischen Stoffe, aus denen sie bestehen, wieder in Kohlendioxid, Wasser und anorganische Nährstoffe um. Diesen Prozess nennt man auch Humusbildung. Dadurch können die Nährstoffe, die zum Pflanzenwachstum notwendig sind, wieder in das Bodenwasser gelangen. Bei einem gesunden Boden sind die Nahrungsketten der Bodenorganismen und der Pflanzen optimal aufeinander abgestimmt und im Gleichgewicht.Ein Gärtner kann die Bodenorganismen durch eine gute und richtige Bodenbearbeitung fördern, zum Beispiel durch die Lockerung des Bodens und das Einbringen von organischem Dünger. Negative Einflüsse auf die Bodenorganismen entstehen durch Bodenverdichtung, falsche und zu hohe Düngung und das Ausbringen von Chemikalien wie zum Beispiel Pflanzenschutzmitteln. Bei einer Bodenversauerung werden die Bodenorganismen durch eine zu hohe Wasserstoffionenkonzentration geschädigt.