Mikroorganismen sind durch ihre Stoffwechseltätigkeit an vielen Abbau- und Zersetzungsprozessen wie zum Beispiel der Verwitterung, Mineralisation, Fäulnis, Verwesung, Gärung und Humusbildung beteiligt. Viele Mikroorganismen können Krankheiten auslösen. Andere Mikroorganismen sind nützlich. Zum Beispiel werden Bakterien bei der Joghurtherstellung und Edelschimmel bei der Käseherstellung eingesetzt.
Die im Boden lebenden Mikroorganismen zählt man zu den Bodenorganismen.
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