Zwei wichtige Untergruppen der Pilze sind Schimmelpilze und Hutpilze. Schimmelpilze bestehen aus einem schlauchförmigen, stark verzweigten Fadengeflecht. Stehen ausreichend Nährstoffe, Feuchtigkeit und Wärme zur Verfügung, bilden sich aufrecht stehende Sporenträger mit sehr vielen einzelligen Sporen. Diese überziehen als sichtbarer Belag den Untergrund. Hutpilze bestehen aus einem unterirdischen Myzel und bilden zu bestimmten Zeiten gestielte, hutförmige Fruchtkörper aus.
Pilze können Krankheiten verursachen. Durch Pilze verursachte Krankheiten bezeichnet man als Mykosen. Manche Pilzarten sind auch nützlich. So wird im Gartenbau zum Beispiel der Schimmelpilz Trichoderma harzianum als Gegenspieler zu Schadpilzen wie Fusarium, Rhizoctonia und Phytium eingesetzt. Trichoderma besiedelt die Wurzeln der Pflanzen und schützt sie so vor Krankheiten, die durch andere Pilzarten verursacht werden.
In der wissenschaftlichen Systematik der Lebewesen werden Pilze meist der Abteilung der Lagerpflanzen zugeordnet.
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