Es gibt zwei unterschiedliche Bau- und Funktionsweisen: Lichtmikroskope und Elektronenmikroskope. Beim Lichtmikroskop wird der Untersuchungsgegenstand auf dem Objekttisch befestigt und durch ein System von optischen Linsen betrachtet. Die Linsen brechen die Lichtstrahlen und vergrößern das Bild sehr stark. Dabei sind Vergrößerungen bis auf das 1500-fache möglich.
Die Funktionsweise der Elektronenmikroskope basiert nicht auf sichtbarem Licht. Der Untersuchungsgegenstand wird stattdessen mit einem Elektronenstrahl durchleuchtet. Dadurch kann ein über 600000-fach vergrößertes Bild erzeugt werden. Elektronenmikroskope sind aufwendig und teuer. Sie werden daher vor allem in Forschungseinrichtungen verwendet.
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