Die Pränataldiagnostik kann helfen, Komplikationen während der Geburt vorzubeugen beziehungsweise die Erstversorgung des Neugeborenen auf einer Intensivstation vorzubereiten. Wird durch die Pränataldiagnostik ein pränataler Schaden des ungeborenen Kindes festgestellt, können sich die Eltern auf diese Tatsache vorbereiten oder die Frau kann bis zum 7. Schwangerschaftsmonat einen Schwangerschaftsabbruch vornehmen lassen. Dabei entsteht ein ethisches Problem, das Kritiker selektive Pränataldiagnostik nennen: In der Öffentlichkeit entwickelt sich offenbar der Eindruck, man könne Behinderungen vermeiden. Kommt ein Kind behindert zur Welt, dann wird der Mutter die Schuld zugewiesen.
Besonders die invasiven Untersuchungen, bei denen der Gynäkologe in den Körper der Mutter eindringen muss, sind jedoch bei vielen Ärzten umstritten, da das normale Risiko einer Behinderung des Kindes unter 3% liegt. Darunter machen die pränatalen, genetisch bedingten Schäden nur 0,5% aus, 2,5% der Behinderungen ist auf Komplikationen während der Geburt zurückzuführen. Hinzu kommt, dass trotz der medizinischen Möglichkeiten nur ein geringer Teil aller pränatalen Schäden durch die Pränataldiagnostik festgestellt werden kann.
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