Nach ihrer Form werden sie eingeteilt in kugelförmige Bakterien wie die Strepto- und Staphylokokken, stäbchenförmige und gekrümmte oder schraubenförmig gedrehte. Ein weiteres Kriterium ist die Bedeutung von Sauerstoff für die Bakterien. Aerobe Bakterien können nur mit Sauerstoff leben, für anaerobe Bakterien wirkt Sauerstoff wie ein Gift. Eine dritte Gruppe von Bakterien kann mit und ohne Sauerstoff leben. Aufgrund der verschiedenen Strukturen der Zellwand reagieren Bakterien auf die Gramfärbung unterschiedlich. Grampositive Bakterien bleiben nach dem Färbetest dunkelblau gefärbt, gramnegative sind ungefärbt. Da grampositive und gramnegative Bakterien unterschiedlich auf Antibiotika reagieren, ist dieser Schnelltest für die gezielte Behandlung von Infektionskrankheiten sehr wichtig.
Die meisten Bakterien sind entweder harmlos, nützlich oder sogar lebensnotwendig. Beim Menschen sind Bakterien auf der Haut und der Schleimhaut wichtig für den Schutz vor schädlichen Keimen, im Darm sind sie notwendig für die Verdauung. Eine normale, das heißt physiologische, Besiedlung mit Bakterien wird auch Flora genannt. Außer im Darm gibt es auch im Nasen-Rachen-Raum, im Auge, in der Scheide und in der Harnröhre nützliche Bakterien.
Krank machende Bakterien werden auch pathogen genannt. Sie sind die Ursache für Infektionskrankheiten und werden mit Antibiotika bekämpft, gegen die sie jedoch resistent werden können.
Nachgewiesen werden Bakterien in Körperflüssigkeiten, Ausscheidungen oder im Gewebe. Dazu wird ein Abstrich, eine Stuhl- Urin- oder Blutprobe oder eine Biopsie entnommen. Im Labor wird durch Zugabe von Nährstoffen im Brutschrank eine Bakterienkultur gezüchtet, in der die Bakterien auf bestimmte Eigenschaften untersucht werden.
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