Die Qualität des Saatguts wird vor allem von dem Erbgut und der Gesundheit der Pflanzen bestimmt, von denen die Samen stammen. Im Erbgut sind die Eigenschaften und die Entwicklung der neuen Pflanzen weitgehend festgelegt. Verunreinigungen durch Sand, Steine oder Samen anderer Pflanzenarten verschlechtern die Qualität des Saatguts.
Saatgut wird häufig vorbehandelt. Es wird zum Beispiel gebeizt, um Fäulnis oder Schädlingsfraß zu verhindern. Bei der Pillierung werden die Samen mit einer einheitlich großen Schutzhülle umgeben. Dadurch können Sämaschinen das Saatgut besser aussäen.
Saatgut wird trocken und kühl gelagert. Je nach Pflanzenart kann das Saatgut unterschiedlich lange aufbewahrt werden, bevor es seine Keimfähigkeit verliert. Das Saatgut mancher Pflanzen kann nur wenige Wochen gelagert werden. Andere Samen können bis zu mehreren Jahrzehnten aufbewahrt werden.
Gärtnereien beziehen ihr Saatgut normalerweise von speziellen Saatgutfirmen. Einige Gärtnereien, vor allem Zuchtbetriebe oder Gärtnereien mit biologischen Anbau, erzeugen ihr Saatgut selbst für die Eigenproduktion oder den Verkauf.
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