In der Pflege und Notfallmedizin werden besonders die Bronchien abgesaugt, wenn der Betroffene das Sekret aus eigener Kraft durch Abhusten nicht mehr aus dem Körper bringen kann. Dazu wird ein Kunststoffkatheter über die Nase und die Luftröhre bis in die Bronchien geschoben und unter Sog herausgezogen. Dieses Absaugen von Bronchialsekret ist auch bei künstlich beatmeten Patienten wichtig und muss mit sterilen Handschuhen und einem sterilen Einmalkatheter vorgenommen werden, um eine Infektion zu vermeiden. Bronchialsekret kann auch während einer Bronchoskopie mit dem Endoskop abgesaugt werden, um das Gewebe auf Keime oder Zellveränderungen zu untersuchen.
Mit einer Pleuradrainage wird Luft oder Flüssigkeit aus dem Zwischenraum zwischen den beiden Schichten des Brustfells, das zwischen Rippen und Lunge liegt, abgesaugt. Der Unterdruck zwischen diesen beiden Schichten sorgt dafür, dass die Lunge nicht zusammenfällt.
Mageninhalt wird mit einer Magensonde abgesaugt, zum Beispiel bei einer Vergiftung, für eine Biopsie oder zum Nachweis von Bakterien wie dem Helicobacter pylori. Mit einer Dünndarmsonde, die über den Magen eingeführt wird, kann auch Darminhalt abgesaugt werden.
Absaugen wird auch als besondere Form der Ausschabung zum Beispiel beim Schwangerschaftsabbruch angewendet.
Beim Zahnarzt wird während der Behandlung der Speichel abgesaugt, damit der Patient sich nicht verschluckt.
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