Es wird zwischen der inneren und äußeren Atmung unterschieden. Die innere und die äußere Atmung sind zwei voneinander verschiedene Prozesse. Die innere Atmung wird auch Zellatmung genannt. Sie umfasst die Stoffwechselvorgänge zur Energiegewinnung in den Zellen. Die Zelle nimmt Sauerstoff auf, der benötigt wird, um Kohlenhydrate, Eiweiße und Fette zu Wasser und Kohlendioxid umzuwandeln. Dieser Vorgang ist eine Form der Dissimilation. Dabei wird Energie frei. Die innere Atmung findet bei den meisten Zellen in besonderen Zellbestandteilen statt. Diese Zellbestandteile werden Mitochondrien genannt. Das Abfallprodukt Kohlendioxid wird von der Zelle wieder abgegeben. Die Zellatmung kommt bei fast allen Lebewesen in jeder lebenden Zelle vor.
Bei mehrzelligen, höher entwickelten Lebewesen muss das von den Zellen abgegebene Kohlendioxid aus dem Körper ausgeschieden werden. Es wird im Körper abtransportiert und über Atmungsorgane an die Umwelt abgegeben. Gleichzeitig wird über die Atmungsorgane Sauerstoff aufgenommen und zu den Zellen transportiert. Diesen Gasaustausch zwischen dem Lebewesen und seiner Umwelt nennt man äußere Atmung. Menschen atmen mit Lungen, Fische mit Kiemen und Insekten über ein Röhrensystem, dem sogenannten Tracheensystem. Höher entwickelte Pflanzen atmen durch winzige Spaltöffnungen an den Blattunterseiten.
Die Fotosynthese ist ein Stoffwechselvorgang, der umgekehrt zur Zellatmung abläuft. Dabei wird Kohlendioxid aufgenommen, Energie verbraucht und Sauerstoff abgegeben.
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