Normalerweise wurzeln Pflanzen in Böden, die auch organische Bestandteile enthalten. Die organischen Stoffe werden von den Bodenorganismen abgebaut, mineralisiert und von den Pflanzen als Nährstoffe aufgenommen. Bei der Hydrokultur ist das anders. Bei dieser Methode werden die Pflanzen in einem Substrat kultiviert, das keine organischen Bestandteile enthält. Es ist chemisch neutral und trägt nicht zur Ernährung der Pflanzen bei. Normalerweise wird als Substrat ein körniger, granulierter Blähton verwendet. Ein Teil der Wurzeln befindet sich durchgehend im Wasser. Die Ernährung der Pflanzen erfolgt allein über die Zugabe von Nährstoffen in das Wasser. Dafür gibt es besondere Langzeitdünger.
Ein Hydrokultursystem besteht aus zwei ineinander gestellten Kulturgefäßen und einem Wasserstandsanzeiger. Umgangssprachlich wird es auch als Topf-in-Topf-System bezeichnet. Der äußere Topf ist wasserdicht. In ihm befindet sich der innere Topf und das Wasser mit den Nährstoffen. Der innere Topf ist ein Kunststoffgittertopf oder ein anderer Kunststofftopf mit großen Schlitzen im unteren Bereich. Er ist wasserdurchlässig und enthält das Substrat. Die Pflanze verankert sich mit ihren Wurzeln im Substrat. Das Wasser mit den Nährstoffen gelangt durch die Öffnungen des inneren Topfes ins Substrat und zu den Pflanzenwurzeln. Der Wasserspiegel wird immer auf einem bestimmten Niveau gehalten, damit die Pflanzenwurzeln durchgehend Zugang zu den Nährstoffen haben. Mit Hilfe des im Topf angebrachten Wasserstandsanzeigers kann die Höhe des Wasserspiegels überprüft werden.
Pflanzen, die in Hydrokultur gehalten werden, lassen sich leicht pflegen. Deshalb findet man diese Art der Pflanzenhaltung oft in Büroräumen, Krankenhäusern, Restaurants und Privathaushalten. Die Pflanzen werden normalerweise nach gestalterischen Gesichtspunkten im Gefäß zusammengestellt.
Hydrokultur ist für sehr viele Zimmerpflanzen geeignet. In der Regel werden die Pflanzen speziell für die Hydrokultur herangezogen und schon von Anfang an in den Blähton ausgesät oder gesteckt. Normalerweise werden nur mehrjährige Pflanzen in Hydrokultur kultiviert.
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